முதல் முறையாக 1988 ஆம் ஆண்டில் ஜனாதிபதி தேர்தலில் திருமதி பண்டாரநாயக்க அவர்கள் போட்டியிட்டார். அவருடைய நிலைபாட்டடை தெளிவாக அறிவித்த திருமதி பண்டாரநாயக்க அவர்கள் இந்திய-இலங்கை ஒப்பந்ததிற்கும் அரசியலமைப்புக்கு மேற்கொண்ட 13 வது திருத்தம், இந்திய இரானுவம் இலங்கையில் தங்கியிருந்தல் மற்றும் அரசியல் எதிரிகளை பலிவாங்குதல் மற்றும் மனித உரிமை மீறல்கள் ஆகியவைக்கு எதிராக பிரசாரம் செய்தார். திருமதி பண்டாரநாயக்க அவர்கள் 2,289,860 வாக்குகள் பெற்று மொத்த வாக்குகளில் 44.9மூ பெற்றார். எவ்வராயினும், 50.4மூ வீதம் வாக்கு பெற்ற பிரதமர் ரனசிங்க பிரேமதாசவிடம் தோல்விகண்டார்.